复合碳源在水处理方面效果显著，使用反应速度足够快，确保所投加的碳源尽量在厌.缺氧功能区内耗尽，避免增加后续曝气系统的负担和运行成本 。复合碳源性价比也非常高，性好无刺激性异味、本地耐低温且易于投加、本地保存和运输可就近获得。 复合碳源易被微生物降解，易被反硝化菌利用，不存在残留物对后续出水达标造成不利影响的问题。 复合碳源不会对系统内的微生物种群类型和含量造成影响，避免投加碳源前后出现微生物的短暂适应性问题。

在水产养殖环境中的作用稳固水体菌藻相平衡：碳是藻类十分重要的营养元素，相当于是藻类的骨架。向水体中补充含碳源的物质能够补充有机碳，稳固水体菌藻相平衡，进而稳定水体的pH。例如很多水产养殖池塘中如果水中缺碳，藻类生长缓慢或者不稳定，补充像乙酸钠这样的碳源，可以为藻类的生长提供必要的碳元素，促进藻类的光合作用，增加水中的溶氧量；同时维持有益微生物在水体中的比例和活性，防止因天气突变等原因引起水质的剧烈变化，起到稳定养殖水体生态环境的作用。促进有益微生物和藻类繁殖：水体中的碳源富含发酵蛋白、同城氨基酸和还原糖时，能有助于促进有益藻类和微生物的繁殖生长，稳定水色。水产养殖中的藻类可以为养殖生物提供氧气、本地作为食物来源等重要作用，有益微生物则有助于分解水体中的有害物质、本地调节水体生态环境等，所以碳源通过促进它们的生长对整个养殖环境产生积极影响，如新生成的有益微生物能够分解残饵、粪便等，防止水中有机物的过度积累。